MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_2

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017029	CAT	2	6	1629	1634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
2	NC_017029	ATC	2	6	1673	1678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
3	NC_017029	AAT	2	6	1735	1740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
4	NC_017029	TTA	2	6	1799	1804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
5	NC_017029	T	6	6	1816	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	381214375
6	NC_017029	A	6	6	1830	1835	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
7	NC_017029	TTAACA	2	12	1840	1851	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	381214375
8	NC_017029	CA	3	6	1850	1855	50 %	0 %	0 %	50 %	381214375
9	NC_017029	GAA	2	6	1873	1878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381214375
10	NC_017029	T	7	7	1891	1897	0 %	100 %	0 %	0 %	381214375
11	NC_017029	AATAC	2	10	1936	1945	60 %	20 %	0 %	20 %	381214375
12	NC_017029	GTT	2	6	1959	1964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214375
13	NC_017029	TTA	2	6	1999	2004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
14	NC_017029	TTAT	2	8	2016	2023	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
15	NC_017029	ATA	2	6	2032	2037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
16	NC_017029	AT	3	6	2048	2053	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
17	NC_017029	AT	4	8	2093	2100	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
18	NC_017029	TTTA	2	8	2106	2113	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
19	NC_017029	TGTT	2	8	2154	2161	0 %	75 %	25 %	0 %	381214375
20	NC_017029	AGTT	2	8	2234	2241	25 %	50 %	25 %	0 %	381214375
21	NC_017029	TAAT	2	8	2249	2256	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
22	NC_017029	CA	3	6	2333	2338	50 %	0 %	0 %	50 %	381214375
23	NC_017029	A	6	6	2364	2369	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
24	NC_017029	TAG	2	6	2399	2404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
25	NC_017029	AATG	2	8	2413	2420	50 %	25 %	25 %	0 %	381214375
26	NC_017029	TAT	2	6	2449	2454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
27	NC_017029	TTA	2	6	2483	2488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
28	NC_017029	AAT	2	6	2503	2508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
29	NC_017029	TACA	2	8	2519	2526	50 %	25 %	0 %	25 %	381214375
30	NC_017029	TAA	2	6	2528	2533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
31	NC_017029	TAA	2	6	2646	2651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
32	NC_017029	TAAA	2	8	2675	2682	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
33	NC_017029	TAG	2	6	2709	2714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
34	NC_017029	CTA	2	6	2720	2725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
35	NC_017029	AATA	2	8	2745	2752	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
36	NC_017029	AT	3	6	2772	2777	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
37	NC_017029	TATC	3	12	2822	2833	25 %	50 %	0 %	25 %	381214375
38	NC_017029	CAA	2	6	2884	2889	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214375
39	NC_017029	AT	3	6	2919	2924	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
40	NC_017029	AGTT	2	8	3030	3037	25 %	50 %	25 %	0 %	381214375
41	NC_017029	ATA	2	6	3038	3043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
42	NC_017029	A	7	7	3086	3092	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
43	NC_017029	ATC	2	6	3096	3101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
44	NC_017029	CT	3	6	3112	3117	0 %	50 %	0 %	50 %	381214375
45	NC_017029	GAAATC	2	12	3133	3144	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381214375
46	NC_017029	TAA	2	6	3156	3161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
47	NC_017029	ATC	2	6	3179	3184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
48	NC_017029	TA	3	6	3202	3207	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
49	NC_017029	TAC	2	6	3225	3230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
50	NC_017029	AATTA	2	10	3260	3269	60 %	40 %	0 %	0 %	381214375
51	NC_017029	TAG	2	6	3330	3335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
52	NC_017029	AAATTA	2	12	3349	3360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
53	NC_017029	A	6	6	3382	3387	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
54	NC_017029	ATT	2	6	3393	3398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
55	NC_017029	ATTTGC	2	12	3413	3424	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	381214375
56	NC_017029	CAA	2	6	3487	3492	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214375
57	NC_017029	A	8	8	3491	3498	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
58	NC_017029	ATTT	2	8	3522	3529	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
59	NC_017029	GAT	2	6	3532	3537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
60	NC_017029	TAGAA	2	10	3552	3561	60 %	20 %	20 %	0 %	381214375
61	NC_017029	TGA	2	6	3566	3571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
62	NC_017029	AAT	3	9	3613	3621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
63	NC_017029	AAT	3	9	3694	3702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
64	NC_017029	AAT	3	9	3775	3783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
65	NC_017029	ATCTTA	2	12	3842	3853	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	381214375
66	NC_017029	AAT	2	6	3904	3909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
67	NC_017029	TAA	2	6	4020	4025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
68	NC_017029	TAC	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
69	NC_017029	GAT	2	6	4045	4050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
70	NC_017029	GCT	2	6	4066	4071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381214375
71	NC_017029	TAA	2	6	4194	4199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
72	NC_017029	TAC	2	6	4308	4313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
73	NC_017029	ATT	2	6	4376	4381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
74	NC_017029	ATG	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
75	NC_017029	ATA	2	6	4469	4474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
76	NC_017029	GAA	2	6	4486	4491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381214375
77	NC_017029	TGA	2	6	4527	4532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
78	NC_017029	TGG	2	6	4587	4592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381214375
79	NC_017029	AATA	2	8	4656	4663	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
80	NC_017029	TAA	2	6	4700	4705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
81	NC_017029	TCCA	2	8	4765	4772	25 %	25 %	0 %	50 %	381214376
82	NC_017029	ACA	2	6	4851	4856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214376
83	NC_017029	TCT	2	6	4870	4875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214376
84	NC_017029	ATG	2	6	4898	4903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214376
85	NC_017029	TTC	2	6	4982	4987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214376
86	NC_017029	ATC	2	6	5075	5080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214376
87	NC_017029	AT	3	6	5137	5142	50 %	50 %	0 %	0 %	381214376
88	NC_017029	CTCTT	2	10	5161	5170	0 %	60 %	0 %	40 %	381214376
89	NC_017029	CTG	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381214376
90	NC_017029	GTT	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214376
91	NC_017029	T	6	6	5311	5316	0 %	100 %	0 %	0 %	381214376
92	NC_017029	CT	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	381214376
93	NC_017029	ATGT	2	8	5478	5485	25 %	50 %	25 %	0 %	381214377
94	NC_017029	T	6	6	5499	5504	0 %	100 %	0 %	0 %	381214377
95	NC_017029	ATA	2	6	5637	5642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214377
96	NC_017029	GCAGTA	2	12	5682	5693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	381214377
97	NC_017029	A	6	6	5741	5746	100 %	0 %	0 %	0 %	381214377
98	NC_017029	GGTA	2	8	5773	5780	25 %	25 %	50 %	0 %	381214377
99	NC_017029	TGA	2	6	5785	5790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214377
100	NC_017029	TTAT	2	8	6096	6103	25 %	75 %	0 %	0 %	381214378
101	NC_017029	A	6	6	6139	6144	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
102	NC_017029	ACA	2	6	6161	6166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214378
103	NC_017029	CTA	2	6	6202	6207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214378
104	NC_017029	ATC	2	6	6246	6251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214378
105	NC_017029	A	6	6	6320	6325	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
106	NC_017029	A	7	7	6329	6335	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
107	NC_017029	CTTTAA	2	12	6352	6363	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	381214378
108	NC_017029	TAA	3	9	6371	6379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214378
109	NC_017029	TA	3	6	6429	6434	50 %	50 %	0 %	0 %	381214378
110	NC_017029	A	7	7	6439	6445	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
111	NC_017029	GTAG	2	8	6453	6460	25 %	25 %	50 %	0 %	381214378
112	NC_017029	TTA	2	6	6478	6483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214378
113	NC_017029	ATA	2	6	6496	6501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214378
114	NC_017029	ATT	2	6	6538	6543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214378
115	NC_017029	TA	3	6	6751	6756	50 %	50 %	0 %	0 %	381214379
116	NC_017029	T	6	6	6758	6763	0 %	100 %	0 %	0 %	381214379
117	NC_017029	ATT	2	6	6778	6783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214379
118	NC_017029	CCTC	2	8	6797	6804	0 %	25 %	0 %	75 %	381214379
119	NC_017029	GCC	2	6	6808	6813	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381214379
120	NC_017029	TTC	2	6	6837	6842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214379
121	NC_017029	TGT	2	6	6880	6885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214379
122	NC_017029	AGT	2	6	6927	6932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214379
123	NC_017029	T	7	7	6934	6940	0 %	100 %	0 %	0 %	381214379
124	NC_017029	T	6	6	6948	6953	0 %	100 %	0 %	0 %	381214379
125	NC_017029	TAT	2	6	7057	7062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214380
126	NC_017029	GCT	2	6	7089	7094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381214380
127	NC_017029	CT	3	6	7111	7116	0 %	50 %	0 %	50 %	381214380
128	NC_017029	ATTA	2	8	7205	7212	50 %	50 %	0 %	0 %	381214380
129	NC_017029	T	6	6	7230	7235	0 %	100 %	0 %	0 %	381214380
130	NC_017029	CTT	2	6	7258	7263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214380
131	NC_017029	AT	3	6	7294	7299	50 %	50 %	0 %	0 %	381214380
132	NC_017029	TAC	2	6	7325	7330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214380
133	NC_017029	CAT	2	6	7363	7368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214380
134	NC_017029	AT	3	6	7367	7372	50 %	50 %	0 %	0 %	381214380
135	NC_017029	TGG	2	6	7376	7381	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381214380
136	NC_017029	AAT	2	6	7388	7393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214380
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263	NC_017029	GCA	2	6	14379	14384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381214388
264	NC_017029	GAG	2	6	14436	14441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381214388
265	NC_017029	CAA	2	6	14456	14461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214388
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.